تتم إدارة العمل في مديرية صحة الكرك من خلال الاقسام والوحدات والشعب التالية :
- قسم الشؤون الادارية
- قسم التأمين الصحي
- قسم الشؤون المالية
- قسم الحاسوب والاتصالات والمعلومات
- قسم الوقاية والرقابة على الامراض
- قسم صحة المرأة والطفل
- قسم البيئة
- قسم الصحة السنية
- قسم الصحة المدرسية
- قسم شؤون التمريض
- قسم المشتريات والتزويد
- قسم الخدمات
- قسم الأبنية والصيانة
- قسم الشؤون الفنية
الوحدات التالية:
- وحدة ضبط الجودة
- وحدة الديوان وخدمة الجمهور
- وحدة المهن والمؤسسات الصحية
- وحدة المتابعة والإشراف
- وحدة ضبط العدوى
والشعب التالية :
- شعبة المهن الطبية المساندة
- شعبة الامراض السارية
- شعبة الامراض غير سارية
- شعبة السجل الطبي
- شعبة شؤون الموظفين
- شعبة النقل
- شعبة الغازات واللوازم الطبية وغير الطبية
- شعبة الصيدلة
- وحدة التوعية والاعلام الصحي (بمستوى شعبة )
- وحدة التطوير المهني (بمستوى شعبة )
- وحدة اللجان الطبية (بمستوى شعبة )