تم إعتماد الهيكل التنظيمي لمديرية التدقيق والمتابعة المالية من قبل معالي الوزير ، حيث تم تقسيم المديرية إلى ثلاثة أقسام وشعبتان وكالتالي :
  1. قسم تدقيق العطاءات 
  2. قسم تدقيق الشراء المباشر والعقود
  3. قسم تدقيق الرواتب والتعويضات. ( ويتضمن هذا القسم شعبتان شعبة تدقيق الحوافز ، وشعبة تدقيق الرواتب والتعويضات )