تأسست المديرية في علم 1982 تحت اسم مديرية الشؤون الطبية وكانت تتولى إدارة شؤون تراخيص المهن والمؤسسات الطبية , وبعد صدور التنظيم الإداري لوزارة  الصحة بتاريخ 1/1/1994 سميت بمديرية ترخيص المؤسسات الطبية , وفي عام 1995 تم استحداث مديرية المهن الطبية , ثم تم دمج المديريتين معاً لتشكلا مديرية المؤسسات والمهن الطبية ,ولدى صدور النظام الإداري الجديد بتاريخ 30/4/2003 أصبحت تعرف بإسم مديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية  وعلى مدار سنوات شهدت تقدماً في إنجاز المهام المطلوبة منها وبفضل جهود موظفيها وإداراتها المُتعاقبة توسعت مهامُها وهي المهام التي فرضت توسُعها القفزات التي حققتها المملكة في مجال الصحة والتزمت الوزارة بمواكبتها وانعكس هذا الالتزام على أداء أذرُع  الوزارة ومنها مُديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية وهو أمر يسهُل فهمه .فحين يتضاعف عدد المؤسسات الصحية في القطاع الخاص مرات عديدة وحين يتزايد عدد خريجي الجامعات والمعاهد والكليات ويصبح عدد الخريجين بالآلاف سنوياً يغدو واضحاً أن مهام هذه المديرية لا بُد وأن تتزايد.وبعصر السرعة وأهمية عامل الوقت يصبح تقصير وقت إنجاز المعاملات رُكناً هاماً في قياس رضى مُراجعي الدائرة حيث يؤمُها ابن الطفيلة واربد ومعان مثلما يؤمُها أبناء عمان والمُدن الأقرب إلى العاصمة وما يتكبدُهُ المُراجع من نفقات مادية وجسدية وأهمية الوقت بالنسبة له ولذويه ومُستقبله المهني مع أهمية التركيز على أن تتحقق المُديرية من شهاداته العلمية والخبرات العملية وتحقيق مُتطلبات الترخيص الأخرى وتصدر له شهادة المزاولة التي لا غنى عنها في عمله . وتحرص الدائرة على مرور شهادة مزاولة المهنة في كل المراحل من تعبئة الطلب إلى توثيق الإصدار للشهادة وحفظها لسنوات طويلة تكون فيه مرجعا أميناً تقضي حاجة المهني وتُطمئن رب العمل الذي يعمل المهني لديه.

ولعل خروج الشاب الأردني إلى خارج البلد استجابة للطلب المُتزايد على مهارته وحرفيته وثراء صفاته الشخصية في تأدية واجبه قد فتح ميداناً جديداً لما هو مطلوب من المديرية فأصبحت مرجعاً صادقاً صدوقاً في الاستجابة لعشرات الرسائل الإلكترونية والكتب  التي تصل للوزارة من الدول الشقيقة والصديقة بغرض التحقق من المؤهل والاطمئنان له في موقع عمله الجديد . ولا يخفى على أحد أن هذا الميدان يتطلب أيضاً جهداً دقيقاً صادقاً سريع الاستجابة يعكس مصداقية كان بلدنا أهلاً لها على مدار السنين . إن على المديرية أن تبذل جُهداً في اتجاهين رئيسيين متوازيين هُما:

• الجهد التنظيمي المتلخص في تطبيق الأنظمة التي يعمل بموجبها موظفو المديرية في ترخيص المؤسسات الصحية المختلفة كالمستشفيات والعيادات والصيدليات والمستودعات وغيرها.
• جهد الرقابة عليها وعلى المهن المختلفة (الطب , التمريض , الصيدلة , وأكثر من خمسة عشر مهنة نص عليها قانون الصحة العامة وما يُصدر من جديد عن مجلس الوزراء الموقر من مهنة أو حرف جديدة.

هذا التوسع بالمهام الكمي والنوعي واكبه تقدم في آليات العمل وكان للتكنولوجيا بشكل عام والحوسبة دوراً رئيسياً في تقصير فترة الإجراء الذي كان يتطلب أسابيع لإنجازه أصبح يُنجز في نفس اليوم على مستوى المهن الصحية كما وأن توفير وسيلة مواصلات لكادر المديرية وتحسين وسائل الاتصال سرع في إجراء الكشوفات وإنجاز المعاملات على مستوى ترخيص المؤسسات الصحية وتسريع إنجاز المعاملات في الاتجاهين.

شوط طويل ينتظر المديرية وطموح موظفيها ومسؤولية ومساءلة مطلوب منها (من المديرية) أن تكون وموظفيها مُستعدة له.