تأسست المديرية في علم 1982 تحت اسم مديرية الشؤون الطبية وكانت تتولى إدارة شؤون تراخيص المهن والمؤسسات الطبية , وبعد صدور التنظيم الإداري لوزارة  الصحة بتاريخ 1/1/1994 سميت بمديرية ترخيص المؤسسات الطبية , وفي عام 1995 تم استحداث مديرية المهن الطبية , ثم تم دمج المديريتين معاً لتشكلا مديرية المؤسسات والمهن الطبية ,ولدى صدور النظام الإداري الجديد بتاريخ 30/4/2003 أصبحت تعرف بإسم مديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية  وعلى مدار سنوات شهدت تقدماً في إنجاز المهام المطلوبة منها وبفضل جهود موظفيها وإداراتها المُتعاقبة توسعت مهامُها وهي المهام التي فرضت توسُعها القفزات التي حققتها المملكة في مجال الصحة والتزمت الوزارة بمواكبتها وانعكس هذا الالتزام على أداء أذرُع  الوزارة ومنها مُديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية وهو أمر يسهُل فهمه .فحين يتضاعف عدد المؤسسات الصحية في القطاع الخاص مرات عديدة وحين يتزايد عدد خريجي الجامعات والمعاهد والكليات ويصبح عدد الخريجين بالآلاف سنوياً يغدو واضحاً أن مهام هذه المديرية لا بُد وأن تتزايد.وبعصر السرعة وأهمية عامل الوقت يصبح تقصير وقت إنجاز المعاملات رُكناً هاماً في قياس رضى مُراجعي الدائرة حيث يؤمُها ابن الطفيلة واربد ومعان مثلما يؤمُها أبناء عمان والمُدن الأقرب إلى العاصمة وما يتكبدُهُ المُراجع من نفقات مادية وجسدية وأهمية الوقت بالنسبة له ولذويه ومُستقبله المهني مع أهمية التركيز على أن تتحقق المُديرية من شهاداته العلمية والخبرات العملية وتحقيق مُتطلبات الترخيص الأخرى وتصدر له شهادة المزاولة التي لا غنى عنها في عمله . وتحرص الدائرة على مرور شهادة مزاولة المهنة في كل المراحل من تعبئة الطلب إلى توثيق الإصدار للشهادة وحفظها لسنوات طويلة تكون فيه مرجعا أميناً تقضي حاجة المهني وتُطمئن رب العمل الذي يعمل المهني لديه.

وتضم المديرية مجموعة أقسام تعمل بجد واجتهاد لخدمة الوطن والمواطن وهي:

قسم ترخيص الأسنان

قسم ترخيص المهن

قسم ترخيص المؤسسات الصيدلانية

قسم ترخيص المؤسسات الصحية

قسم الرقابة

الوحدة التنفيذية