تضم مديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية الأقسام التالية:
قسم ترخيص الأسنان
قسم ترخيص المهن
قسم ترخيص الصيدلة
قسم ترخيص المؤسسات الصحية
قسم الرقابة
الوحدة التنفيذية